نویسنده مطلب با شگرد سوفسطایی و بهره‌گیری چندباره از  کتاب آقای حسینعلی منتظری (بدون آنکه نامی از وی ببرد) با نیت‌خوانی از آرای امام خمینی(ره)، این‌گونه القا کرده است که آخرین آرا و اندیشه‌های امام را بررسی کرده و به این نتیجه رسیده که ایشان هم در خصوص «چگونه حکومت کردن» معتقد به حکمرانی «نهاد- محور» و نه «فرد- محور» بوده‌اند.
وی آورده است: «در آنجا که امام(ره) توصیه کرد که «نقش زمان و مکان را در نظر بگیرید چراکه این بحث‌های طلبگی پاسخگو نیست و ما را به بن‌بست می‌کشاند»، شاید در لایه‌های زیرین اندیشه ایشان، گذار از «فرد» به «نهاد» بود!»
عضو هیئت‌علمی دانشگاه غیرانتفاعی مفید در بخشی از این مطلب به تفکیک «ولایت» و «نظارت» پرداخته و با ارائه تعریف ناقصی از این دو نهاد عنوان کرده است: «ولایت، نوعی قدرت و اقتدار برای سرپرستی است که به شخص یا اشخاص معینی اعطا می‌شود درحالی‌که نظارت عبارت است از بررسی انطباق احکام و اعمال موجود در یک حکومت بر اساس شریعت که اصولاً به درخواست مردم صورت می‌گیرد.»
وی همچنین به تفکیک دو نظریه «فرد- محور» و «نهاد- محور» پرداخته و در آخرین بند از نوشته خود به خیال اینکه خواننده بی‌پایگی استدلال او را درنخواهد یافت، به‌عنوان نتیجه‌گیری نوشته است: «آرای اخیر امام خمینی(ره) به‌سوی نظریه نهاد- محور متمایل شده بود...» و در این نظریه «ماهیت ولایت، غیر از ماهیت نظارت است» و «اساساً فقیه ولایت اجرایی ندارد» و «نظارت می‌تواند به شورای فقها واگذار شود» و «فقیه ولایت اجرایی ندارد که از منشأ مشروعیت آن سخن به میان آید» و «چون ولایت‌فقیه ولایت اجرایی ندارد تفکیک قوا به شکل کامل‌تری محقق می‌شود»!
این در حالی است که در آرای امام خمینی(ره) ولایت فقیهی که حکمش نافذ نیست و شأن اجرایی ندارد، هیچ‌گونه معنا و مفهومی ندارد!
در اندیشه امام خمینی(ره) که در سخنان و آثار مکتوب ایشان از جمله کتاب‌هایی مانند ولایت‌فقیه، کشف ‌الاسرار، البیع و ... و همچنین سیره عملی ایشان در مدیریت کشور متبلور است ولایت‌فقیه، نه‌فقط «ولایت اجرایی» بلکه «ولایت تقنینی» و «ولایت قضایی» را نیز در برمی‌گیرد و این شمولیت و ولایت مطلقه، نکته مهمی است که در روح کلی حاکم بر قانون اساسی هم موج می‌زند به‌ویژه اصل پنجم قانون اساسی که اشعار می‌دارد: «در زمان غیبت حضرت ولی‌عصر(عج) در جمهوری اسلامی ایران ولایت امر و امامت امت بر عهده فقیه عادل و باتقوی، آگاه به زمان، شجاع، مدیر و مدبر است» و اصل پنجاه و هفتم قانون اساسی که می‌گوید: «قوای حاکم در جمهوری اسلامی ایران عبارت‌اند از: قوه مقننه، قوه مجریه و قوه قضائیه که زیر نظر ولایت مطلقه امر و امامت امت بر طبق اصول آینده این قانون اعمال می‌گردند.» یا اصل یک‌صد و سیزدهم (ذیل فصل قوه مجریه) که مقرر می‌دارد: «پس از مقام رهبری، رئیس‌جمهور عالی‌ترین مقام رسمی کشور است و مسئولیت اجرای قانون اساسی و ریاست قوه مجریه را جز در اموری که مستقیماً به رهبری مربوط می‌شود، بر عهده دارد.»
ازاین‌رو و با توجه به تلاش نویسنده برای مصادره به مطلوب نمودن آرای امام خمینی(ره)، مرور سیره عملی امام در مورد مدیریت و بخش‌هایی از بیانات آن یار سفرکرده در خصوص «ولی‌فقیه» و مسئله «نظارت و ولایت اجرایی» خالی از لطف نیست.
آن امام راحل معتقد بودند ولایت اجرایی، عبارت است از «رهبری مسلمانان»، برخورداری از «اختیارات... در زمینه امور سیاسی و فرمانروایی»، «فرماندهی و حکومت بر مردم»، «حکومت و اداره کشور و اجرای قوانین شرع مقدس» و اختیاراتی که شامل مواردی همچون «گرفتن مالیات و صرف آن در مصالح مسلمانان»، «تدارک و بسیج سپاه»، «تعیین ولات و استانداران» و ... می‌شود.
امام خمینی(ره) در خصوص ولایت اجرایی می‌فرمایند: «تشکیل حکومت و برقراری دستگاه اجرا و اداره، جزئی از ولایت است؛... [چراکه] مجموعه قانون برای اصلاح جامعه کافی نیست. برای این‌که قانون مایه اصلاح و سعادت بشر شود، به قوه اجرائیه و مجری احتیاج دارد. به همین جهت، خداوند متعال در کنار فرستادن یک مجموعه قانون، یعنی احکام شرع، یک حکومت و دستگاه اجرا و اداره مستقر کرده است. رسول اکرم(ص) در رأس تشکیلات اجرایی و اداری جامعه مسلمانان قرار داشت. علاوه بر ابلاغ وحی و بیان و تفسیر عقاید و احکام و نظامات اسلام، به اجرای احکام و برقراری نظامات اسلام همت گماشته بود تا دولت اسلام را به وجود آورد... پس از رسول اکرم(ص) خلیفه همین وظیفه و مقام را دارد. رسول اکرم(ص) که خلیفه تعیین کرد فقط برای بیان عقاید و احکام نبود، بلکه هم‌چنین برای اجرای احکام و تنفیذ قوانین بود. وظیفه اجرای احکام و برقراری نظامات اسلام بود که تعیین خلیفه را تا حدی مهم گردانیده بود که بدون آن پیغمبر اکرم(ص)... رسالت خویش را به اتمام نمی‌رسانید...» (امام خمینی، ولایت‌فقیه، ص 15 و 17 و 32 ـ 31)
در سخنانی دیگر، امام خمینی(ره) می‌فرمایند:
- «حکومت اسلامی، حقِّ فقیهِ جامع‌الشرایط است و هر خردمندی آن را تصدیق می‌کند و غیر از سلطنت الهی همه سلطنت‌ها برخلاف مصالح مردم و تحت عنوانِ جور است.» (کشف‌الاسرار، ص 9)
- «عقل و نقل با هم متحدند در اینکه والی باید عالم به قوانین (فقیه) و عادل در میان مردم و در اجرای احکام باشد بنابراین امر حکومت به عهده فقیه عادل نهاده می‌شود و هم اوست که صلاحیت ولایت مسلمین را دارد» (کتاب البیع، ص 465)
- «من به همه ملت، به همه قوای انتظامی اطمینان می‌دهم که امر دولت اسلامی اگر با نظارت فقیه و ولایت‌فقیه باشد، آسیبی به این مملکت وارد نخواهد شد.» (صحیفه امام، ج 10، ص 58)
- «ولایت‌فقیه، ولایت بر امور است که نگذارد این امور از مجاری خودش بیرون برود. نظارت کند بر مجلس، بر رئیس‌جمهور، که مبادا یک پای خطایی بردارد. نظارت کند بر نخست‌وزیر که مبادا یک کار خطایی بکند. نظارت کند بر همه دستگاه‌ها، بر ارتش، که مبادا یک کار خلافی بکند.... چرا این‌قدر به دست‌وپا افتاده‌اید و همه‌تان خودتان را پریشان می‌کنید بی‌خود؟ هر چه هم پریشان بشوید و هر چه هم بنویسید، کاری از شما نمی‌آید. من صلاحتان را می‌بینم که دست بردارید از این حرف‌ها و از این توطئه‌ها و از این غلط‌کاری‌ها! برگردید به دامن همین ملت.» (صحیفه امام، ج 10، ص 306)
در خصوص سیره عملی امام خمینی(ره) در مدیریت نیز باید یادآور شد که از ابتدای پیروزی انقلاب اسلامی ایشان در همه مسائل اجرایی، ولایت تام و تمام داشتند و همین ولایت تا اواخر عمر ایشان در تمامی حوزه‌های داخلی و خارجی باقی بود. نخستین فرمان امام(ره)، پس از ورود به ایران، فرمان تشکیل دولت موقت در 15 بهمن‌ماه سال 57 بود؛ یک روز پس از سقوط رژیم پهلوی، در 23 بهمن‌ماه سال 57، امام خمینی(ره)، طی فرمانی برای اداره کشور و جلوگیری از هرج‌ومرج دستوراتی صادر کردند. فرمان بعدی امام(ره)، در 25 بهمن‌ماه 57 مبنی بر شکستن اعتصاب‌ها و باز شدن مراکز دولتی برای ارائه خدمات به مردم بود. همین مسیر و ولایت اجرایی تا اواخر عمر ایشان با توصیه‌ها و نصایح به رئیس‌جمهور، دست‌اندرکاران و دستگاه‌های مختلف اجرایی کشور مانند وزارت خارجه، وزارت کشور، وزارت اطلاعات، وزارت ارشاد و ... ادامه داشت. سیره عملی بنیانگذار جمهوری اسلامی در خصوص مدیریت و ولایت اجرایی، قضایی و تقنینی در سال آخر عمر پر برکت ایشان نکات قابل تأملی است که نباید از نظر دور داشت:
1) در شهریور سال 67، وقتی نخست‌وزیر وقت استعفا کرد، امام راحل در واکنش به این استعفا، خطاب به وی مرقومه عتاب‌آمیزی صادر و فرمودند: «در زمانی که مردم حزب‌الله برای یاری اسلام، فرزندان خود را به قربانگاه می‌برند چه وقت گله و استعفا است» که همین نامه در نهایت منجر به پس گرفتن استعفا از سوی نخست‌وزیر وقت شد.
2) در اواخر سال ۶۷، امام خمینی(ره) با صدور سه حکم جداگانه برای حجت‌الاسلام رئیسی، مأموریت‌های مهمی را برای تحول و کمک به اجرای عدالت و مقابله با خیانت‌ها و تجاوزهای منافقین برعهده وی نهادند. امام خمینی(ره) در حکم اول از بی‌توجهی مقامات عالی‌رتبه قضائی به بروز مشکلاتی در برخی شهرهای کشور گلایه کرده و حجت‌الاسلام رئیسی را مسئول رسیدگی به بحران می‌کنند. همچنین در حکمی دیگر درباره حجم انبوه پرونده‌های راکد ابراز نگرانی می‌کنند و در حکم سوم هم ایشان با اشاره به «ضعف‌های دستگاه قضائی» و «انتظار مردم در برخورد جدی با مسائل» می‌فرمایند: ««از آنجا که گزارشات متعددی در مورد ضعف دستگاه قضائی به این‌جانب رسیده است ... به حجت‌الاسلام آقای رئیسی مأموریت قضائی داده می‌شود...»
در 2 بهمن 67، امام خمینی(ره) در نامه‌ای به آقایان نیری و رئیسی (اجرای «حدود» و «قصاص») می‌فرمایند: «آنچه را که به شما مأموریت دادم تا به پرونده‌هایی که در شورای عالی قضائی راکد مانده است پس از رسیدگی اجرانمایید، در مورد حدود و قصاص است با حفظ جهات شرعیه آن.»
3) هشتم بهمن‌ماه سال ۶۷ و به مناسبت تولد حضرت زهرا(س) و روز زن، رادیوی جمهوری اسلامی ایران در برنامه‌ای از مخاطبینش می‌پرسد: به نظر شما الگوی امروز زنان ایرانی چه کسی است؟ اکثر مخاطبین، حضرت فاطمه(س) را الگوی خود معرفی می‌نمایند اما یکی از مصاحبه‌شوندگان در کمال تعجب می‌گوید: «الگوی مناسب زنان ایرانی اوشین است!» حضرت روح‌الله(ره) فردای آن روز در واکنش به این ماجرای موهن، طی پیامی رسمی و علنی به‌شدت محمد هاشمی (رئیس‌وقت صداوسیما) را مورد عتاب قرار می‌دهند و می‌فرمایند: «در صورتی‌که ثابت شود قصد توهین در کار بوده است، بلاشک فرد توهین‌کننده محکوم به اعدام است. اگر بار دیگر ازاین‌گونه قضایا تکرار گردد، موجب تنبیه و توبیخ و مجازات شدید و جدی مسئولین بالای صداوسیما خواهد شد.» (صحیفه نور، جلد ۲۱: ص ۷۶)
4) دیر زمانی از پذیرش قطعنامه 598 نگذشته بود که کتاب آیات شیطانی توسط سلمان رشدی، یک نویسنده مسلمان هندی‌الاصل دارای تابعیت انگلستان، انباشته از توهین و افترا و اهانت به مقدسات اسلامی منتشر شد؛ و تبلیغات فراوانی حول‌وحوش آن به راه افتاد. امام خمینی(ره) در ۲۵ بهمن ۱۳۶۷ فتوای تاریخی خود را درباره ارتداد سلمان رشدی اعلام کردند.
5) حضرت امام(ره) در 27 دیماه 67 در نامه‌ای به شورای عالی قضایی، شورای مذکور را که در آن زمان به عنوان عالی‌ترین مرجع قضایی شناخته می‌شد را اینگونه مورد عتاب قرار می‌دهد که: «شما که مسئولیت قضایی دارید و بالاترین مرجع قضایی در کشور پنجاه میلیونی می‌باشید نباید به کار دیگری در وقت اداری اشتغال داشته باشید. آیا بهتر نیست که برای سر و سامان دادن به امور قضایی در غیر وقت اداری هم به کار قضایی بپردازید.... اینجانب تحمل تعطیل حکم خدا را ندارم. اگر کم‌کاری شود خود همانگونه که در چند مورد اقدام کرده‌ام مستقیماً اقدام می‌نمایم... من به شما علاقه دارم اما در مقابل تکلیف شرعی نمی‌توانم بی‌تفاوت باشم.»
6) ماجرای عزل منتظری از قائم‌مقامی رهبری از سوی امام خمینی(ره) در سال 68 یکی از نمونه‌های قابل تأمل ولایت امام(ره) بر همه مسائل کشور بود که نشان داد آن حضرت در اواخر عمر مبارک خود، همچنان در مقابل انحرافات ایستاده و انقلابی عمل می‌کند. امام خمینی(ره) در 6 فروردین سال 68 در نامه‌ای به منتظری، که به دلیل سوابق انقلابی‌اش از سوی مجلس خبرگان به‌عنوان قائم‌مقام رهبری منصوب شده بود، قبل از اینکه موضوع را به بررسی مجلس خبرگان ارجاع کنند، وی را عزل کردند.
علاوه بر موارد فوق، نامه امام(ره) به گورباچف، نامه گلایه‌آمیز امام(ره) به شورای نگهبان در خصوص انجمن حجتیه، پیام تاریخی به روحانیت (منشور روحانیت) و اقدامات مهم امام خمینی(ره) در آخرین سال حیات حاکی از سیره عملی و ولایت همه‌جانبه ایشان در اداره امور کشور است.