یکی از مهمترین دغدغه‌های دانشگاه بعد از مسائل آموزشی، فعالیت‌های پژوهشی می‌باشد. ارتقای کیفی و کمی پژوهش و عمق دادن به پژوهش‌ها در دانشگاه ادیان یکی از برنامه‌های مهم است که همواره توسط مسئولان این دانشگاه دنبال شده و می‌شود.